Ministerul Educaţiei și Cercetării organizează şi conduce sistemul naţional de educaţie, învăţământ, cercetare ştiinţifică, dezvoltare tehnologică şi inovare având ca parteneri atât instituțiile subordonate, cât și instituțiile aflate în coordonare.

A. Structuri care funcţionează în subordinea Ministerului Educaţiei și Cercetării:

• Autoritatea Națională pentru Cercetare (ANC)

• Unitatea pentru Finanțarea Învățământului Preuniversitar

• Unitatea Executivă pentru Finanţarea Învăţământului Superior şi a Cercetării, Dezvoltării şi Inovării (UEFISCDI)

• Agenţia Naţională pentru Programe Comunitare în Domeniul Educaţiei şi Formării Profesionale (ANPCDEFP)

• Institutul de Științe ale Educației

• Centrul Naţional Pentru Curriculum și Evaluare (CNCE)

• Agenţia Română de Asigurare a Calităţii în Învăţământul Preuniversitar (ARACIP)

• Centrul Naţional de Dezvoltare a Învăţământului Profesional şi Tehnic (CNDIPT)

• Institutul Limbii Române (ILR)

• Inspectorate şcolare judeţene şi Inspectoratul Şcolar al Municipiului Bucureşti - servicii publice deconcentrate ale Ministerului Educaţiei Naţionale în a căror subordine funcţionează unităţi conexe, unităţi pentru activitatea extraşcolară şi cluburi sportive şcolare

• Comisia Naţională a României pentru UNESCO

• Centrul de Cercetări Biologice din Jibou

• Federaţia Sportului Şcolar şi Universitar (FSSU)

• Centrul pentru Formare Continuă în Limba Germană

• Centrul pentru Formare Continuă în Limba Maghiară

• Secretariatul Naţional Român al Reţelei Universităţilor de la Marea Neagră

• Palatul Naţional al Copiilor din Bucureşti

• Biblioteca Centrală Universitară din Bucureşti

• Biblioteca Centrală Universitară „Mihai Eminescu" din Iaşi

• Biblioteca Centrală Universitară „Lucian Blaga" din Cluj-Napoca

• Biblioteca Centrală Universitară „Eugen Todoran" din Timişoara

• Casa de Cultură a Studenţilor din Municipiul Suceava

B. Unităţi aflate în coordonarea Ministerului Educaţiei și Cercetării

• Autoritatea Naţională pentru Calificări (ANC)

• Societatea „Editura Didactică şi Pedagogică” SA 

• Agenţia de Administrare a Reţelei Naţionale de Informatică pentru Educaţie şi Cercetare (ARNIEC)

C. Cluburi sportive studenţeşti